باشگاه فوتبال بایرن مونیخ (به آلمانی: Fußball-Club Bayern München) یک تیم فوتبال آلمانی است که در مونیخ پایتخت ایالت باواریا قرار دارد و سالانه در بوندسلیگا (لیگ برتر فوتبال آلمان) به رقابت میپردازد. بایرن مونیخ به عنوان موفقترین و پرافتخارترین باشگاه فوتبال در آلمان شناختهشده، موفق به کسب ۳۰ قهرمانی بوندسلیگا و ۲۰ قهرمانی در جام حذفی فوتبال آلمان شدهاست.
بایرن مونیخ در سال ۱۹۰۰ میلادی توسط ۱۱ فوتبالیست و در رأس آن فرانتس جان تأسیس گردید. اگرچه بایرن برای اولین بار در سال ۱۹۳۲ قهرمانی آلمان را کسب کرد اما در اولین دوره بوندسلیگا که در سال ۱۹۶۳ آغاز شد، بایرن برای این مسابقات انتخاب نشد. بهترین دوران تاریخ باشگاه به اواسط دهه ۷۰ میلادی بازمیگردد که بایرن با کاپیتانی فرانتس بکنباوئر موفق به ۳ قهرمانی پیاپی (۱۹۷۶–۱۹۷۴) در لیگ قهرمانان اروپا شد. تاکنون بایرن ۱۰ بار به فینال لیگ قهرمانان راه یافته که ۸ بار در آن قهرمان شدهاست. آخرین قهرمانی این باشگاه در اروپا در سال ۲۰۱۳ است که موفق به کسب پنجگانه (قهرمانی بوندسلیگا و جام حذفی آلمان، سوپرکاپ اروپا، جام باشگاههای اروپا و جام باشگاههای جهان) با سرمربیگری یوپ هاینکس شدهاست. بایرن همچنین موفق به یک قهرمانی در لیگ اروپا، دو قهرمانی در جام برندگان جام اروپا و سه قهرمانی در جام باشگاههای جهان شدهاست که آنها را تبدیل به یکی از پرافتخارترین تیمهای اروپایی کردهاست.
رقبای سنتی باشگاه مونیخ ۱۸۶۰، نورنبرگ و بروسیا دورتموند در بوندسلیگا و رئال مادرید، آ.ث. میلان و منچستر یونایتد و مخصوصا لیورپول در اروپا هستند. این رقابتها در پی بردها و باختهای پیاپی این تیمها با بایرن مونیخ صورت گرفتهاند. بایرن با تیم یوونتوس در تورین ایتالیا رابطه خوبی طی سالهای گذشته داشتهاست. از آغاز سال ۲۰۰۵ بایرن بازیهای خانگی خود را در ورزشگاه آلیانتس آرنا انجام میدهد. پیش از این تاریخ، بایرن به مدت ۳۳ سال در ورزشگاه المپیک مونیخ بازی میکرد. بایرن از لحاظ قدرت مالی قدرتمندترین باشگاه آلمان و چهارمین باشگاه ثروتمند اروپا بعد از رئال مادرید، بارسلونا و منچستر یونایتد است.
باشگاه ورزشی بایرن افزون بر فوتبال باشگاههای شطرنج، هندبال، بسکتبال، ژیمناستیک، بولینگ، و تنیس روی میز را اداره میکند و در فوتبال حرفهای بیش از ۱۱۰۰ عضو فعال دارد.بایرن تنها باشگاهی است که در یک سال هم در رشتهٔ فوتبال زنان و هم در رشتهٔ فوتبال مردان قهرمان لیگ کشور خود یعنی بوندسلیگا (مردان / زنان) میشود.